Die regionale Geschichte Mitteldeutschlands und des östlichen Mitteleuropas schwerpunktmäßig in der Frühen Neuzeit, also den drei Jahrhunderten zwischen 1500 und 1800, soll künftig im Friedrich-Christian-Lesser-Kolleg erforscht werden. Das Forschungsgebiet umfasst die Bundesländer Sachsen, Sachsen-Anhalt und Thüringen, die Tschechische Republik, Südpolen und die westliche Ukraine. Das Stipendienprogramm wird Projekte dieses Forschungsgebietes für Doktoranden und Post-Doc-Stipendiaten fördern, die an Universitäten in beliebigen Ländern studiert haben. Das jüngst von der Friedrich-Christian-Lesser-Stiftung in Nordhausen gegründete Kolleg kann dabei auf die Universität Jena als wissenschaftlichen Partner zählen.
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